2 活性測定
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在試管中進行的酵素活性分析,與在生物体內的酵素反應,有相當的差距;為使反應達最大活性 (Vmax),或往指定方向進行,所使用基質濃度為十倍Km。
反應的最適pH、溫度、 ...
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酵素純化方法
酵素分析方法
問
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1
蛋白質定量法
2
酵素活性測定法
3
電泳檢定法
4
分子量決定法
5,
6,7
其他工具
2.1
催化反應2.2
酵素活性分析
2.2.1 酵素活性測定方法
2.2.2 中止酵素反應方法
2.2.3
連續測定法
2.2.4
澱粉磷解脢活性分析2.3
維持酵素活性
2.3.1 緩衝液
2.3.2 試劑的保存
2.3.3 酵素活性之維持
2.3.4 酵素活性單位
5
蛋白質構造分析6
免疫學工具7
蛋白質科技
2 酵素活性測定法︰
2.1
催化反應:
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▲
a.
反應設計原則
大部分酵素反應方式,都可包括在圖
2.1
的大綱中;建立酵素活性測定步驟時,請注意以下原則︰
(1)
測定生成物的產生量,比測基質(反應物)的消失量,更方便且靈敏;儘量避免測定生成物。
(2)
反應流程儘量簡單,太複雜的操作過程,增加工作量及成本,且容易造成失誤。
(3)
複雜的反應,可能產生某些意外的生成物(或pH改變),回饋抑制
酵素反應
(以負號表示)。
(4)
反應條件要有利於指定反應方向
的進行,可以移除生成物
(以籃框表示),或接上耦合反應。
(5)小心樣本中有無其他酵素(或抑制劑)
干擾,會因為消耗反應物或生成物,而加強或減弱目標酵素的活性,造成假象。
圖
2.1 酵素活性分析及偵測原則
b.
反應基質及酵素濃度
在試管中進行的酵素活性分析,與在生物体內的酵素反應,有相當的差距;為使反應達最大活性
(Vmax),或往指定方向進行,所使用基質濃度為十倍
Km。
反應的最適
pH、溫度、時間等條件,均需以實驗求得;尤其酵素的用量影響結果甚鉅,要事先找出最適當的使用濃度。
TOP
▲
2.2
酵素活性分析:
TOP
▲
酵素活性的偵測,通常是固定在一段
時間
(t)內,觀察
生成物
的產量
(P)。
因此反應進行一定時間後需中止反應,再進行生成物的定量。
而
P/t即為此酵素的
反應速率
(vo),也就是酵素活性。
但若可連續記錄反應過程,則有無中止反應並不重要。
2.2.1
酵素活性測定方法
反應一段時間
(t)後中止反應,測生成物量
(P)即得活性
(P/t)。
以下為各種測定生成物的方法,任何物理、化學甚或生物方法都可使用。
a.
直接測定生成物
所有去氫脢均可測定
NAD+與
NADH
間的變化量,即為去氫脢的活性;例如酒精去氫脢
催化下式之正反向反應:
Ethanol+
NAD+→
Acetaldehyde+
NADH+
H+
反應液中
NADH在
340nm波長有吸光變化
(如圖
2.2)。
■
酵素活性的測定
圖
2.2 NADH吸光光譜
b.
耦合反應法
若生成物
(P)
無法直接測得,設法把生成物再進行耦合反應,變成可測量的產物
(Q);很多酵素可耦合到上述去氫脢的反應,則可測
340nm波長變化。
S
→P→Q
■
Hexokinase的耦合反應
c.
化學測定法
若生成物具有
化學活性,則可直接進行化學反應;
例如蔗糖以
轉化脢
(invertase,IT)
水解成果糖及葡萄糖,可測定生成物還原糖的還原力。
d.
放射線測定法
若基質分子中含放射性核種,酵素反應後追蹤生成物的放射線量,即可知酵素活性。
麻煩的是,要分離開反應物及生成物,有時不太容易;可用
HPLC、濾紙色析法
(PPC)
或離子交換法等。
■
PCsynthase的例子
e.
測壓法
(manometry)
若生成物為氣体,則可測定氣体体積之增加量;尤其有氧氣生成時,可用
Warburg氏呼吸計測之。
f.
電極
有些電極可直接測定反應的變化;例如若有
pH或氧濃度的改變,則可用pH計或氧電極。
酵素電極把酵素固定在薄膜上進行反應,然後直接測定反應物的改變,相當方便;但多用在工業或醫療界有大量樣本待檢測者。
g.
HPLC
檢定法
若產物無法以其他任何方便的方法檢測時,最終可用
HPLC來分析產物,但相當費時。
TOP
▲
2.2.2
中止酵素反應的方法
注意任何中止反應的方法均不得破壞生成物,或干擾儀器測定。
a.
用3-5%TCA(三氯乙酸)改變pH,使酵素變性沉澱,再離心去除沉澱取上清。
b.
急速加熱(100℃水浴)10min,注意有些蛋白質(如RNase)仍然無恙。
c.
用1%SDS中止反應,注意proteaseK
等在SDS下仍有活性。
d.
若該酵素需二價離子,則加入EDTA
中止反應。
e.
若該酵素有專一性抑制劑,則可加入抑制劑。
f.
若使用放射性基質,可加入大量不具放射性
(cold)的基質,看來放射性的生成物不再產生,但酵素反應實際上並沒有停止。
■
SDS如何作用
■
Pulse-chase的例子
TOP
▲
2.2.3
連續測定法
連續測定法可不用刻意中止酵素反應,但通常要使用儀器同步監控生成物。
a.
連續測定法
若酵素反應,在其催化過程中可以一邊進行觀察,則可連續測定反應的情形,不須中止反應,上述
酒精去氫脢即可連續監視340nm
波長的變化。
若生成物無法直接觀測,則可接續一耦合反應,把生成物轉變為容易觀察的物質。
b.
連續的耦合反應
耦合反應在連續測定法應用相當多,但由於耦合反應更複雜,甚至成為一個迷你的代謝途徑;這種複雜的反應中有較多試劑與產物,許多不必要的副反應可能出現,干擾反應結果;要作好對照的
控制組,以免有假結果出現。
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▲
2.2.4
澱粉磷解脢活性分析
以
澱粉磷解脢
為範例,說明如何以生物化學方法偵測到其活性。
a.
澱粉磷解反應
注意磷解不是水解,此反應為可逆
(Pi為無機磷):
(Glc)n-Glc+ Pi
→ (Glc)n
+ Glc-1-P (磷解方向)
(Glc)n +
Glc-1-P → (Glc)n-Glc +
Pi (合成方向)
合成方向反應可測
無機磷
(Pi)生成,而
Pi的檢定有方便的化學呈色反應。
反之,磷解方向應如何設計方便的活性分析方法?
圖
2.3 澱粉磷解脢的活性分析及干擾因子
b.
澱粉鏈延長
澱粉磷解脢以可溶性澱粉作為
引子
(primer),催化
Glc-1-P
連接到引子上,成為較長的直鏈澱粉
(amylose),可用
碘液呈色觀察。
在原態電泳膠片,澱粉磷解脢活性可用此法染色,直接在膠片上看到酵素活性
(如圖
2.3A)。
◇
引子是一小段澱粉分子
c.
小心其它干擾物質
澱粉磷解脢的兩種基質很容易受到其它酵素的作用:
可溶性澱粉受到
b-amylase
(BA)澱粉脢快速水解,澱粉磷解脢活性被抑制;Glc-1-P
受phosphatase
(Ph)磷酸脢的水解,產生游離的磷酸,會誤判為澱粉磷解脢的活性
(圖
2.3B)。
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▲
2.3
維持酵素活性:
TOP
▲
酵素是有活性的分子,而可能隨時失去活性;應該考慮各種最佳的環境與條件,以便使酵素保持在最安定的狀態。
酵素的緩衝液是最關鍵的因素。
2.3.1
緩衝液
緩衝液可維持溶液的恆定酸鹼度及離子濃度,兩者都會影響酵素的活性。
■
弱酸如何成為緩衝分子?
■
如何導出H-H公式
a.
緩衝液有其使用範圍
各種緩衝液都有其適用的
pH範圍,表
2.1
列出常用的緩衝液。
Serva
表
2.1各種常用緩衝液及其使用範圍
b.
添加物都有作用
經常在緩衝液中加入一些物質,以增加酵素安定或保持活性
(表
2.2)。
表
2.2 緩衝液各種添加物質的作用及其使用濃度
c.
溫度的影響
緩衝液用來維持溶液恆定的
pH,但需注意有些緩衝液的
pH受溫度影響很大
(如
Tris);故製備緩衝液時,要考慮此緩衝液將要在什麼溫度下使用。
■
緩衝液使用注意事項
d.
濃度的影響
改變緩衝液的濃度,對其
pH可能有影響。
緩衝液的種類不同,酵素活性的表現也會有差異,有些酵素甚至失去活性。
圖
2.4列出各種不同實驗情況下,緩衝液的使用濃度範圍。
圖
2.4 緩衝液使用濃度的大概範圍
e.
Stocksolution
緩衝液可以十倍濃度貯存,高濃度可防止微生物生長,並保持每次實驗所使用藥品的穩定度。
注意在稀釋後,溶液的pH
也許會改變一些,尤其是磷酸緩衝液很容易受到濃度改變所影響。
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▲
2.3.2
試劑的保存
試劑的適當保存非常重要,要依照廠商所指示的溫度貯存。
a.
避免潮解
注意每當試劑由冷藏庫取出時,要等它回到室溫後才能打開,否則水氣會附在藥品的表面,進而潮解或破壞之。
b.
分裝凍藏
常用的冷藏藥品以
小量分裝(aliquot)
後凍藏,是最好的貯藏方式,尤其是溶液狀態的生物活性試劑
(如酵素),切勿反復
凍結-解凍。
◆
有些酵素經不起凍藏,一旦結冰後再解凍,活性快速下降。
例如本實驗課所純化的澱粉磷解脢請勿凍藏,放在
4℃即可。
c.
甘油凍藏
於低溫
(-20℃)
貯藏的酵素溶液,若保存在
50%甘油
就不會凍結,隨時取用;但須注意所含的甘油,對下一步反應有無影響。
d.
避光防菌
很多試劑要
避光
貯存,或須放在乾燥器中,避免長霉長菌。
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2.3.3
酵素活性之維持
a.
酵素的安定性不同
酵素在細胞中合成後,有的分泌到細胞外,有的運送到細胞器官中貯存或應用。
前者
(分泌性酵素)
因為要在細胞外的惡劣環境中生存,因此較為堅韌,不易受到破壞;
反之,細胞內的酵素,都以較濃的濃度集中在保護良好的胞器內或胞膜上,一但抽離細胞暴露在氧氣中,可能很容易失去活性。
■
細胞內外酵素分佈
b.
酵素失活的原因
可歸類成如下的物理性或化學性原因。
(1)
蛋白質
變性:
離開細胞的生理環境後,蛋白質可能遇到極端的
pH
條件、不適的溫度或變性劑(如
SDS
或尿素),均會使蛋白質的構形破壞。
(2)
酵素
活性區破壞:
在抽取過程中,若失去
cofactor,或者活性區的關鍵胺基酸被修飾,均可造成。
最常見的影響是氧化,尤其是
cysteine
上的-SH
基很容易被氧化。
一般加入
EDTA除去可活化氧分子的二價離子;或加入抗氧化劑,以自身氧化防止
-SH基氧化。
(3)
蛋白脢水解:
細胞內有許多蛋白脢,細胞被打破後即釋放到酵素溶液中,很快水解酵素。
可用蛋白脢的抑制劑防止之,但蛋白脢有數大類,各有不同類的抑制劑;一般使用
PMSF(phenylmethylsulfonyl
fluoride)是
Ser
型蛋白脢的抑制劑,但也抑制部分其它類型者;PMSF
在水溶液中很快就會降解。
(4)
酵素抑制劑:
在自然界中或以人工合成,發現許多酵素有抑制劑,可以專一性地抑制酵素活性;有可逆性的,也有不可逆的,通常不可逆抑制劑的效果都很強烈。
■
各種蛋白脢
c.
如何保持活性
若酵素不太穩定,活性不易保持,請參考下列處理方式:
(1)
儘快進行純化及各項分析,隨時保持在4℃或冰浴中。
(2)
讓酵素保存在硫酸銨固体沉澱中,要比溶液狀態安定得多。
(3)
勿讓高純度的酵素,保存在稀濃度溶液中,否則要加
BSA
當安定劑。
(4)
勿隨意凍結或解凍酵素液,可加防凍劑
(如甘油或醣類)以液態保存。
(5)
冷凍乾燥雖可長期保存酵素,但有些酵素活性可能會因而下降。
(6)
若容易受微生物污染,可經無菌過濾後保存
(當然也會損失一些酵素)。
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▲
2.3.4
酵素活性單位
活性單位
(activityunit)是酵素活性高低的指標。
一個活性單位的定義,是在固定溫及
pH下,每分鐘可催化
1
mmole
基質的活性。
但很多情況下,為了操作或計算的方便,直接用測定產物所得的吸光值,除以單位時間來表示活性,因此活性單位的定義可能不同。
有關酵素活性及其基本背景,請複習生物化學中的酵素章節;你在大學所念到的酵素知識,在研究所還是完全適用。
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目
錄
酵素純化方法
酵素分析方法
問
題集
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1
蛋白質定量法
2
酵素活性測定法
3
電泳檢定法
4
分子量決定法
5,
6,7
其他工具
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2004/01/06
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